临床没有副作用最小的避孕药一说。常用的紧急避孕药有左炔诺孕酮片、米非司酮片等，相对来说，米非司酮片的副作用较小。此外，复方炔诺酮片也可以用于紧急避孕，副作用较大。
1、左炔诺孕酮片属于激素类避孕药，通过负反馈作用于下丘脑而抑制排卵，还能提高宫颈黏液黏稠度，降低精子穿透，改变子宫内膜而损害孕卵着床。该药口服吸收迅速，越早使用避孕效果越好。服用后可能会有轻度恶心、呕吐、乳房触痛、头痛、眩晕、疲劳等症状，一般不需处理，可在24小时后自行消失。也可能导致月经改变，多数表现为服药当月的月经提前或延后。乳腺癌生殖器官肿瘤、肝功能异常或近期有肝病及黄疸史、静脉血栓病、脑血管意外、高血压、心血管病、糖尿病、高脂血症、抑郁症患者及40岁以上妇女禁用。
2、复方炔诺酮片属于短效避孕药，临床也可以用于女性紧急避孕，副作用相对较大，可能会出现恶心、呕吐、头晕、阴道出血、闭经等不良反应，目前临床应用较少。
3、米非司酮片是孕激素受体拮抗剂，可破坏子宫蜕膜，使子宫平滑肌的收缩作用增强，宫颈发生软化、扩张。米非司酮片的副作用相对来说少而轻，服药过程中部分人可出现恶心、呕吐或腹泻等胃肠道症状，症状轻者无需特殊处理。还可能出现不规则阴道流血，少数妇女可能会出现皮疹。有肾上腺疾病、与甾体激素相关的肿瘤及其他内分泌疾病、皮肤瘙痒史、血液病、血管栓塞等病史的女性禁用。
需要注意的是，紧急避孕药只有在万不得已的情况下才建议服用，因为其会对女性的内分泌功能造成不良影响。