Den ersten hundert puritanischen Flüchtlingen aus England, den Pilgervätern, die 1620 mit der Mayflower an der Ostküste Nordamerikas landeten und dort die Kolonie Plymouth aufbauten, folgten in den nächsten Jahren Tausende weiterer Emigranten. Eine größere Auswanderergruppe unter Führung von John Winthrop, die 1630 mit elf Schiffen Neuengland erreichte, gründete die Kolonie Massachusetts Bay mit der Stadt Boston.[8] Als Nachbarort entstand 1631 Newtown, das einige Jahre später den Namen Cambridge erhielt.
Die oberste Legislative der Kolonie, der Massachusetts General Court, beschloss am 28. Oktober 1636, trotz knapper Kassen ein College zu errichten, das den Bedarf an Geistlichen im gesamten besiedelten Gebiet decken sollte. Die Männer um John Winthrop bewilligten 400 Pfund in zwei Teilbeträgen. Das Projekt erfuhr eine großzügige Förderung durch den puritanischen Geistlichen John Harvard, der 1638 starb und dem College seine Bibliothek und die Hälfte seines Vermögens hinterließ. John Harvard zu Ehren erhielt das College seinen Namen.[9] Ein zweites Vermächtnis fiel dem Harvard College 1661 mit dem Tod von Lady Mowlson Radcliffe (Testament von 1643) zu. Der damit eingerichtete Stipendienfonds für bedürftige Studenten ist der älteste seiner Art in Amerika. Das später gegründete Radcliffe College für Frauen bewahrt ihr ehrendes Andenken.
Mit der Berufung des unitarischen Theologen Henry Ware 1805 auf die (1721 vom Kaufmann Thomas Hollis begründete) Stiftungsprofessur für Theologie wurde der zunehmende Einfluss des Unitarismus auf die Hochschule deutlich, die bis dahin vor allem von calvinistischen Kongregationalisten geprägt worden war. Zwei Jahre später, 1807, wurde von calvinistischer Seite das Andover Seminary neu gegründet[10]. Es sollte noch viele Jahre dauern, bis sich das stark religiös-konfessionell ausgerichtete Harvard College zur Hochschule mit breiterem Lehrangebot entwickelte. 1811 wurde mit dem Massachusetts General Hospital das noch heute bestehende Lehrkrankenhaus gegründet. 1816 wurde unter dem Hochschulpräsidenten John Thornton Kirkland das heute noch bestehende Theologische Seminar Harvards, die Harvard Divinity School, gegründet, 1817 folgte die Harvard Law School. In der Folgezeit, vor allem während der Amtszeit von Charles William Eliot von 1869 bis 1909, entwickelte sich Harvard zur modernen Universität. In dieser Zeit stiegen die Einschreibungen von 1000 auf 3000 pro Jahr, die Schulen für Medizin und Rechtswissenschaften wurden erneuert und weitere neu geschaffen. Zu letzteren zählten unter anderem die Schulen für Wirtschaftswissenschaften, Zahnmedizin und Kunst. Außerdem entstand unter Eliot 1879 das Radcliffe College.
Während der Amtszeit von Abbott Lawrence Lowell als Präsident der Universität von 1909 bis 1933 wurde insbesondere die College-Ausbildung an der Harvard University umgestaltet. Diese stand insbesondere im Zeichen der Konzentration des Lehrplans auf einige Kernlehrgebiete für jeden Studiengang. Ergänzt wurde dies durch Neuerungen in der Unterbringung der sogenannten „undergraduates“. Diese sah vor, dass die Studienanfänger ein Jahr lang in den Gebäuden auf oder in der Nähe des Harvard Yards untergebracht waren und im Anschluss auf zwölf weitere Gebäude verteilt wurden. Dies sollte dem Zweck dienen, den sogenannten „Freshmen“ im ersten Studienjahr die Atmosphäre eines kleinen Colleges innerhalb der großen Universität zu bieten. Dieses System hat sich bis heute bewährt und erhalten.
Die Präsidenten der nachfolgenden 70 Jahre führten zahlreiche Erneuerungen durch, die insbesondere im Zeichen der Qualitätsverbesserung der Bildung und der Festigung der Forschungsaktivitäten standen. Zu nennen sind vor allem das General Education Program von Präsident James Bryant Conant in den 1930er Jahren, Innovationen im Bereich der Akquisition externer Forschungsmittel während der Amtszeit von Universitätspräsident Pusey und die Integration des Radcliffe Colleges in die Harvard University.
Konflikt mit der Trump-RegierungZu Beginn der zweiten Präsidentschaft Donald Trumps entwickelte sich ein schwerer Konflikt zwischen Harvard und seiner Regierung. Diese wirft der Universität vor, zu wenig gegen antisemitische Proteste zu unternehmen, will aber auch weitgehenden Einfluss auf ihre Zulassungs-, Lehrplan- und Einstellungspraktiken nehmen, insbesondere bei Maßnahmen zur Diversität.[11][12] Als Druckmittel wurden harte Zwangsmaßnahmen ergriffen, wie die Streichung von Finanzmitteln und der massenhafte Entzug von Studentenvisa.[13] Harvard fühlt sich dadurch in seiner Wissenschaftsfreiheit beschränkt.[14]
Kernpunkte der Streitigkeiten
Unzureichende Bekämpfung von Antisemitismus: Die Trump-Regierung wirft Harvard vor, zu wenig zum Schutz jüdischer Studenten auf dem Campus zu tun, insbesondere im Rahmen der Proteste infolge des Hamas-Terroranschlags vom 7. Oktober 2023 und dem nachfolgenden Krieg in Gaza. Obwohl die Universität unter Leitung ihres (jüdischen) Präsidenten Alan Garber eine eigene Arbeitsgruppe gegen Antisemitismus einberufen und umfassende Maßnahmen zum Schutz jüdischer Studenten umgesetzt hat[15], forderte eine von Trump eingesetzte Kommission weitergehende Schritte wie das Verbot von Studenten, die als „feindlich gegenüber amerikanischen Werten“ eingestuft wurden, die Überprüfung politischer Ideologien und vierteljährliche Berichte. Harvard wies diese als Eingriff in die akademische Freiheit zurück.[16][17] Am 29. September 2025 wurden aufgrund einer am 30. Juni ergangenen Mitteilung über Verstöße gegen Titel VI des Civil Rights Act of 1964 gegenüber israelischen und jüdischen Studenten Schritte unternommen, um die Universität in Zukunft von staatlicher Förderung und von Geschäften mit der Bundesregierung ausschließen zu können. Der Universität wurde vorgeworfen, nach den Terroranschlägen auf Israel am 7. Oktober 2023 „mit vorsätzlicher Gleichgültigkeit gegenüber antisemitischen Belästigungen von Studenten durch andere Studenten reagiert“ zu haben. In der Folge gab es Bemühungen zur Erreichung eines „Deals“ zwischen der Regierung und der Universität.[18][19] Diversitätsmaßnahmen: Wie viele andere Hochschulen und Organisationen ist auch Harvard bemüht, die soziale Diversität unter den Studenten zu erhalten. So wurden Bewerber aus sozial schwächeren Haushalten oder ethnischen Minderheiten gefördert, um gesellschaftlicher Diskriminierung und Rassismus entgegenzuwirken. Die Trump-Regierung hat sich jedoch zum Ziel gesetzt, solche Diversity, Equity and Inclusion (DEI) Programme bundesweit zu stoppen und fordert von Harvard, etwa soziale Merkmale (z. B. Geschlecht, Hautfarbe, Herkunft) im Bewerbungsprozess nicht länger zu berücksichtigen. Tatsächlich haben diese allerdings schon seit einem Gerichtsurteil im Jahre 2023 keinen Einfluss mehr auf die Studienzulassung. Als Entgegenkommen hat die Universität zudem bereits ihre DEI-Abteilung umgewidmet und die Stelle des Diversitätsbeauftragten aufgelöst.[20] Finanzierungskürzungen: Als Reaktion auf Harvards Weigerung, die Forderungen zu erfüllen, hat die Trump-Regierung Bundesmittel eingefroren und gekürzt, darunter Zuschüsse in Milliardenhöhe für medizinische und wissenschaftliche Forschungsprojekte.[21] Im April 2025 wurden Fördergelder von 2,2 Milliarden sowie 60 Millionen Dollar an mehrjährigen Verträgen eingefroren.[22] Bildungsministerin Linda McMahon teilte Harvard mit, dass die Universität von künftigen Bundeszuwendungen ausgeschlossen sei.[23] Das American Jewish Committee verurteilte die „übermäßig weitreichenden“ Kürzungen der Forschungsmittel, die „vom notwendigen Kampf gegen Antisemitismus ablenken, während sie die weltweite Vorrangstellung der amerikanischen Forschungsuniversitäten bedrohen.“ Zur Bekämpfung von Antisemitismus seien vor allem Antidiskriminierungsgesetze notwendig.[24] Dieser Entzug der Fördermittel wurde Anfang September 2025 durch ein US-Bundesgericht in Boston für rechtswidrig erklärt. Alle am oder nach dem 14. April 2025 vorgenommenen Einfrierungen und Kündigungsschreiben wurden aufgehoben und außer Kraft gesetzt.[25] Drohung mit Entzug des Steuerbefreiungsstatus: Präsident Trump drohte persönlich mit dem Entzug der Steuerbefreiung von Harvard, ein drastischer Schritt, der die Fähigkeit der Universität zur Mittelbeschaffung erheblich beeinträchtigen würde.[26][27] Klagen und rechtliche Auseinandersetzungen: Harvard hat gegen die Trump-Regierung Klage eingereicht und argumentiert, dass die Maßnahmen der Regierung gegen das First Amendment (Redefreiheit und akademische Freiheit) verstoßen und willkürlich seien.[28] Die Universität fordert die Freigabe der eingefrorenen Gelder und das Verbot zukünftiger Anforderungen, die die institutionelle Autonomie untergraben.[29][30] Entzug der Akkreditierung für internationale Studenten: Ein bedeutender Eskalationsschritt erfolgte am 22. Mai 2025 durch die Heimatschutzministerin Kristi Noem mit dem Entzug der Akkreditierung Harvards für die Einschreibung internationaler Studenten. Dies betrifft fast 7.000 Studierende (über ein Viertel der Eingeschriebenen), die nun entweder an andere Universitäten wechseln müssen oder ihren Aufenthaltsstatus in den USA verlieren. Jeder dieser Studenten entrichtet jährlich Studiengebühren in Höhe von 59.000 bis 87.000 Dollar.[31] Das Department of Homeland Security begründete die Maßnahme erneut mit Harvards Weigerung, umfassende Berichte über seine Studenten abzugeben, seine Diversitätsrichtlinien anzupassen und dem Umgang mit pro-palästinensischen Protesten.[32] Dieser faktische massenhafte Entzug der Studentvisa wurde jedoch am 23. Mai 2025 von einem Bundesgericht in Boston im einstweiligen Rechtschutz vorläufig gestoppt.[33][34][35]Harvard, als eine der ältesten und reichsten Universitäten Amerikas, ist die erste Elitehochschule, die sich den Forderungen der Trump-Regierung widersetzt.